Ders AdıKodu Yerel KrediAKTS Ders (saat/hafta)Uygulama (saat/hafta)Laboratuar (saat/hafta)
Biyokimya 1MBG301135300
ÖnkoşullarYok
YarıyılGüz
Dersin DiliTürkçe
Dersin SeviyesiLisans
Dersin TürüZorunlu @ Moleküler Biyoloji ve Genetik Lisans Programı
Ders KategorisiUzmanlık/Alan Dersleri
Dersin Veriliş ŞekliYüz yüze
Dersi Sunan Akademik BirimMoleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Dersin KoordinatörüBanu Mansuroğlu
Dersi Veren(ler)Banu Mansuroğlu, Emel Ordu
Asistan(lar)ı
Dersin AmacıBu dersin amacı, biyokimyasal dönüşümlerin nasıl gerçekleştiğini, bu dönüşümlerin ardındaki moleküler mekanizmaları ve biyomoleküllerin oluşum ile sentez yollarını detaylı bir şekilde anlamalarını sağlamaktır. Böylece, biyolojik olaylara moleküler bir pencereden bakarak, canlılığın en temel düzeydeki karmaşık ve düzenli işleyişini ve bu kavramın disiplinlerarası uygulamalarını gerçekleştirebilme becerileri kazandırmayı amaçlamaktadır.
Dersin İçeriğiCanlıların temelini oluşturan moleküler yapılar ve kimyasal prensipler, proteinlerin yapı taşı olan amino asitlerin kimyasal yapıları ve hücredeki işlevleri, amino asitlerin birleşerek nasıl peptidleri ve daha büyük proteinleri oluşturduğu, bu moleküllerin canlı sistemlerdeki hayati görevleri, biyolojik reaksiyonları hızlandıran proteinler olan enzimlerin çalışma mekanizmaları, kinetiği ve düzenlenmesi, hücre için enerji kaynağı ve yapısal bileşenler olan karbonhidratların çeşitleri ve işlevler.
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
  • A.L.Lehninger, D.L. Nelson, M.M. Cox; W.H. Freeman, Lehninger Biyokimyanın İlkeleri, Ç.Ed.: Y. Murat Elçin, Palme 2013.
  • J.M.Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer, Biochemistry (Strayer) , Palme Yayıncılık, 2008.
Opsiyonel Program BileşenleriYok

Ders Öğrenim Çıktıları

  1. Bu dersi başarıyla tamamlayan öğrenciler, Proteinler, amino asitler ve karbonhidratlar gibi temel biyomoleküllerin kimyasal yapılarını ve bu yapıların, moleküllerin işlevlerini nasıl belirlediğini yorum yapabileceklerdir.
  2. Enzimlerin bir reaksiyonu nasıl hızlandırdığını, aktivitesini etkileyen faktörleri ve bu süreçlerin metabolizmadaki önemini değerlendirebileceklerdir.
  3. Biyomoleküllerin birbirleriyle nasıl etkileşime girdiğini ve bu etkileşimlerin hücre içindeki karmaşık süreçleri nasıl yönlendirdiğini analiz edebileceklerdir.
  4. Edindiği temel biyokimya bilgilerini kullanarak, genetik, moleküler biyoloji ve tıp gibi daha ileri düzey konulara rahatça adapte olabileceklerdir.
  5. Öğrenilen teorik bilgileri, biyolojik olayları ve metabolik yolları ve biyolojik sistemlerin işleyişi hakkında mantıklı çıkarımlar yapabileceklerdir.

Ders Öğrenim Çıktısı & Program Çıktısı Matrisi

DÖÇ-1DÖÇ-2DÖÇ-3DÖÇ-4DÖÇ-5
PÇ-155555
PÇ-2-----
PÇ-3-----
PÇ-4-----
PÇ-555555
PÇ-6-----
PÇ-7-----
PÇ-8-----
PÇ-9-----
PÇ-10-----
PÇ-11-----

Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları

HaftaKonularÖn Hazırlık
1Konu Anlatımı (%85): Bu ders kapsamında, temel biyokimyasal kavramlar, makromoleküller (proteinler, karbonhidratlar, lipidler, nükleik asitler), enzimlerin yapısı ve işlevleri, hücre metabolizmasının temel yolları ve biyokimyasal reaksiyonların düzenlenmesi konularına genel bakış yapılacak. Sınıf içi uygulama (15): Temel biyomolekülleri (protein, karbonhidrat, lipid, nükleik asit) örneklerle tanıyarak yapı ve işlevlerin tatışılmasıTemel Biyokimyasal kavramların okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 1.
2Konu Anlatımı (%85): Biyokimyanın Temelleri hakkında genel bilgilendirme Sınıf içi uygulama (15): Hücresel, kimyasal, fiziksel, genetik ve evrimsel temeller üzerinde tartışılacak.Hücresel düzeyde biyokimyanın anlaşılması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 1.
3Konu Anlatımı (%85): Hücrelerin biyokimyasal düzeyde yapı ve Analizi ayrıntılı olarak anlatılacak Sınıf içi uygulama (15): Sulu sistemlerde zayıf etkileşimler, suyun iyonlaşması, zayıf asit ve bazlar, biyolojik sistemlerde pH değişimlerine karşı tamponlama, bir tepken olarak su anlatılacakSu önemi ve biyokimyasal anlamda suyun özelliklerinin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 2.
4Kısa sınav : 1,2 ve 3 konuları ile ilgili Konu Anlatımı (%85): Amino Asitler yapısı ve sınıflandırılması ve işlevleri Sınıf içi uygulama (15): Amino asitler ortak yapısal özellikleri, proteinlerde amino asit kalıntıları olarak görevleri, amino asitlerin R gruplarına göre sınıflandırılması anlatılacakYapıtaşı molekül olarak aminoasitlerin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 3. Kısa sınav 1: (1,2 ve 3 konuları ile ilgili) Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 1-2.
5Konu Anlatımı (%85): Biyokimyasal açıdan Peptidler ve Proteinler Sınıf içi uygulama (15): Peptitlerin amino asitlerden yapılanması, prptidlerin iyonlaşma davranışları, biyolojik aktif peptidler ve polipeptidlerin özellikleri anlatılacakYapıtaşı olarak proteinlerin özelliklerinin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 4.
6Konu Anlatımı (%85): Proteinlerin üç boyutlu yapısı, birincil, ikincil ve üç boyutlu yapılarının organizasyonu Sınıf içi uygulama (15): Proteinlerin işlevleri ile amino asit dizilimi arasındaki bağ, alfa sarmal konformasyonu ve beta dönüşleri, bu yapılardaki zayıf etkileşimleri, proteinlerin üçüncül ve dördüncül konformasyonu ve işlevi ile ilişkisi açıklanacakProteinleri farklı yapısal özelliklerinin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 4 ve 5.
7Kısa sınav : 4,5 ve 6 konuları ile ilgili Konu Anlatımı (%85): Proteinlerin işlevleri, oksijen bağlayan proteinler olan Hemoglobin ve Miyoglobin mekanizması Sınıf içi uygulama (15): Miyoglobin ve Hemoglobinin oksijen bağlama mekanizması, proteinlere ligand etkileşimleri gösterilecekFarklı işlevlere sahip protein örneklerinin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 5. Kısa sınav 2: (4,5 ve 6 konuları ile ilgili) Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 3,4 ve 5.
8Ara Sınav 1
9Konu Anlatımı (%85): Enzimler yapıs ve işlevi, çalışma mekanizması Sınıf içi uygulama (15): Enzimlerin yapısı, kataledikleri tepkimelere göre sınıflandırılması, enzimlerin tepkime hızına etkisi ve termodinamik tanımı, enzim substrat ilişkisi, substrat derişimi ile bağlantısı üzerinde durulacakYapıtaşı molekül olarak enzimlerin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 6.
10Konu Anlatımı (%85): Enzim Kinetiği mekanizmasını anlamaya yönelik yaklaşımlar, Enzim-Geçiş eşitliğinin tümleyici kanıtları, Michealis-Menten eşitliği, Enzim inhibisyonu ve mekanizmaları Sınıf içi uygulama (15): Enzim tarafından katalizlenen tepkimelerin hızınaı substrat derişiminin etkisi, kinetik parametriler enzim aktiflşiklerinin karşılaştırılması, iki veya daha fazla subtratlı enzim tekimeleri, Ön-kararlı hal kinetiğine özgü tepkimeler, düzenleyici tepkimeler açıklanacakBiyokimyasal reaksiyonlarda enzim kinetiğinin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 6.
11Kısa sınav : 7,8 ve 9 konuları ile ilgili Konu Anlatımı (%85): Karbahidratlar, monosakkarit ve disakkarit kavramları, polisakkaritler Sınıf içi uygulama (15): Aldozlar ve ketozlar olarak iki monosakkarit ailenin yapısal özellikleri, monosakkerilerin indirgen özellikleri, glikozit bağı ve bu bağı içeren disakkaritler, homo ve hetero polisakkaritler özellikleri ve yapısal işlevleri anlatılacakYapıtaşı molekül olarak karbohidratların okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 7. Kısa sınav 3: (5, 6 ve 7 konuları ile ilgili) Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 5 ve 6.
12Konu Anlatımı (%85): Glikobiyoloji, glikokonjugatlar: Proteoglikanlar, glikoproteinler, ve glikopeptidler Sınıf içi uygulama (15): Proteoglikanların hücre yüzeyi ve hücre dışı matriksin alanı olarak görevleri, glikoproteinlerin oligosakkaritlerle kovalent bağlanması, glikolipidlerin ve lipopolisakkaritlerin zar yapısındaki görevleri anlatılacakFarklı işlevlere sahip polisakkaritlerin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 7.
13Konu Anlatımı (%85): Lipidlerin sınıflandırılması, depo lipitlerin yapısı ve görevleri, Sınıf içi uygulama (15): Yağ asitlerin nasıl türevlendiği, triaçilgliserol yapısı açıklanacakYapıtaşı molekül olarak lipidlerin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 10.
14Kısa sınav : 10 ,11 ve 12 konuları ile ilgili Konu Anlatımı (%85): Membran Lipidleri, zardaki yapısal lipidlerin sınıflandırılması, gliserofosfolipid yapısı, bağ yapıları ve özellikleri, sfingolipidler, steroller Sınıf içi uygulama (15): Gliserofosfolipidlerin yapı taşları, ester ve eter bağları, sfingolipidlerin yapısı ve sterollerin (özellikle kolesterolün) zar üzerindeki etkileri açıklanacakMembran lipidlerinin sınıflandırılması ve işlevlerinin okunması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 11. Kısa sınav 4: (8,9 ve 3 konuları ile ilgili) Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 7 ve 8.
15Konu Anlatımı (%85): Nükleotidler ve Nükleik Asitlerin yapısı, kimyası ve işlevi Sınıf içi uygulama (15): Bu derste, nükleik asitlerin yapısı, çift sarmal modeli, baz eşleşmeleri ve biyolojik görevleri görseller ve moleküler modelleri gösterilecekYapıtaşı molekül olarak nükleik asitlerin anlaşılması. Kaynak: Ders Kitabı, Bölüm 8.
16Final

Değerlendirme Sistemi

EtkinliklerSayıKatkı Payı
Devam/Katılım
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Derse Özgü Staj
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği420
Ödev
Sunum/Jüri
Projeler
Seminer/Workshop
Ara Sınavlar140
Final140
Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı
Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı
TOPLAM100

AKTS İşyükü Tablosu

EtkinliklerSayıSüresi (Saat)Toplam İşyükü
Ders Saati143
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışması143
Derse Özgü Staj
Ödev
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği42
Projeler
Sunum / Seminer
Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)115
Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)130
Toplam İşyükü :
Toplam İşyükü / 30(s) :
AKTS Kredisi :
Diğer NotlarYok